مرض الخناق في نبات القطن هو مرض فطري يسببه الفطر Fusarium oxysporum f. sp. vasinfectum. يصيب هذا المرض النباتات عن طريق التربة الملوثة بالفطر، ويتسبب في ظهور أعراض تشبه الجفاف والذبول في الأوراق والساق. يمكن للمرض أن يؤدي إلى تدهور حالة النبات وتشويه الثمار وخفض الإنتاجية.
يمكن علاج مرض الخناق في نبات القطن عن طريق مكافحة الفطريات بواسطة الرش بالمبيدات الفطرية المناسبة وتحسين ظروف التربة والري. كما يمكن اتباع إجراءات وقائية مثل تجنب زراعة القطن في التربة الملوثة وتجنب التعرض للظروف الرطبة الزائدة التي تسهل انتشار الفطريات.