لحساب نصف قطر ذرة الهيدروجين يمكن استخدام العلاقة التالية:
نصف قطر ذرة الهيدروجين = (طول الرابطة بين الأكسجين والهيدروجين في جزيء الماء - نصف قطر ذرة الأكسجين) / 2
نصف قطر ذرة الهيدروجين = (0.96 - 0.66) / 2 = 0.15 أنجستروم
وبالتالي, طول الرابطة بين الهيدروجين والهيدروجين في جزء الماء يساوي:
0.66 + 0.15 + 0.15 = 0.96 أنجستروم.