ثاني أكسيد الكربون يتم اخراجه من الجسم عن طريق الجهاز التنفسي، وتحديداً من الرئتين. بعد أن يتم استنشاق الهواء الذي يحتوي على ثاني أكسيد الكربون، يتم نقله من الدم في الأوعية الدموية إلى الرئتين. في الرئتين، يتم استبدال ثاني أكسيد الكربون بالأكسجين عن طريق عملية التنفس، ويتم بعد ذلك خروج ثاني أكسيد الكربون من الجسم عن طريق الزفير.