تقاس درجة نظافة الأغذية عادة عن طريق فحص التلوث البكتيريولوجي، وهو قياس لوجود البكتيريا والميكروبات الضارة في الأغذية. يتم أيضًا فحص الخمائر والفطريات لتقييم نظافة الأغذية، حيث يمكن أن تُذه الكائنات المجهرية تلفاً في الطعام. بالإضافة إلى ذلك، يتم فحص المواد العالقة لتقدير سلامة الأغذية، حيث يمكن أن تشير وجود مواد عالقة إلى وجود شوائب أو مواد غير صحية في الطعام. بشكل عام، فحص التلوث البكتيريولوجي والخمائر والفطريات والمواد العالقة يُستخدم جميعها لقياس درجة نظافة الأغذية وضبط جودتها.
