في بعض المركبات العضوية، يكون هناك تفاعلات من نوعية معينة تحدث بين الروابط الكيميائية في الصيغة الجزيئية، ويمكن تمثيل هذه التفاعلات في الصيغة البنائية. على سبيل المثال، يمكن تمثيل تفاعلات التحفيز الحمضي-القاعدي، انتقال البروتونات، وإعادة الترتيب الوظيفي في الصيغة البنائية.
أحد الأمثلة الشهيرة على هذا النوع من التفاعلات هو تفاعل إضافة الماء إلى الألكين، حيث يتم تمثيل هذا التفاعل على الصيغة البنائية من خلال إضافة ذرة الأوكسجين والبروتونات والتباعد بين الذرات في الصيغة الجزيئية.
بشكل عام، يمكن تمثيل التفاعلات الكيميائية في الصيغة البنائية لتسهيل فهم آليات الحدوث وتأثيرات الكيمياء العضوية.
