ثاني أكسيد الكربون يتم اخراجه من الجهاز التنفسي داخل الجسم من خلال العملية التنفسية. يتم استنشاق الهواء الذي يحتوي على أكسجين وثاني أكسيد الكربون، ثم يتم استخراج الأكسجين واستبعاد ثاني أكسيد الكربون من جهاز التنفس بهلر (الرئتين) من خلال التنفس الخارجي. ثم يتم نقل ثاني أكسيد الكربون من الدم إلى الرئتين حيث يتم استنشاقه واخراجه من الجسم عن طريق الزفير.